自衛隊ヘリ・固定翼機による急患搬送は、自衛隊法第83条に基づくものであり、都道府県知事の要請に基づく「災害派遣」という名目で行われる。自衛隊ヘリ・固定翼機による救急は、手続き上面倒であるため、陸上では決して日常的なものではないが、防災ヘリに比べて能力が優れている軍用機であるため、気象条件が厳しく、ヘリポートに夜間照明がない等、ヘリコプター救急体制が不安がある離島については、日常的に自衛隊による急患搬送が行われている。特に沖縄県（沖縄本島周辺）では、自衛隊ヘリ・固定翼機による救急搬送が、防災ヘリが1機しかない沖縄県から自衛隊に全面的に任されており、沖縄県の救急体制にとって不可欠の存在になっている。小笠原諸島では、硫黄島航空基地を経由した、海自救難飛行隊UH-60Jヘリと輸送機とのリレー搬送や、厚木航空基地に派遣されている岩国第71航空隊派遣隊のUS-1A飛行艇による急患搬送が行われている。隠岐諸島では、第3輸送航空隊のC-1輸送機を使用した、救急車ごと搬送するという変わった急患搬送が行われることがある。急患搬送に当たっては、自衛隊基地や公共ヘリポートで救急車に引き継がれる。海自救難飛行隊や空自航空救難団といった救難専門部隊では、准看護師(MEDIC)資格を持った機上救護員または降下救助員が搭乗する。付き添いの医師も便乗することがある。
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海上自衛隊…救難飛行隊の所在地：青森県大湊航空基地、千葉県館山航空基地、東京都硫黄島航空基地、長崎県大村航空基地、徳島県徳島航空基地、鹿児島県鹿屋航空基地、山口県岩国航空基地、神奈川県厚木航空基地
救難飛行隊以外のﾍﾘｺﾌﾟﾀｰ基地、京都府舞鶴航空基地、徳島県小松島航空基地
航空自衛隊…航空救難団（本部：入間）：千歳・三沢・秋田・松島・百里・入間・新潟・小松・浜松・小牧・芦屋・春日・新田原・那覇
航空救難団ではないが、美保第3輸送航空隊（隠岐諸島）など
陸上自衛隊…第2飛行隊：旭川（利尻島など）・第101飛行隊：那覇（沖縄本島周辺、大東諸島、奄美諸島）など 。